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由于氣相色譜儀的ECD檢測器靈敏度高，尤其對電負性大的物質如：F、Cl、O等元素敏感，很容易受污染。
污染的形式有：①放射源的流失；②電極表面或放射源的污染；③氣路污染。
當氣相色譜儀受污染時，會產生較大的本底噪聲、基線漂移，出現負響應、嚴重拖尾等現象。
導致檢測器污染的主要因素有：
（1）載氣不純，含有H2O、O2等雜質；
（2）進樣口硅膠墊污染；
（3）色譜柱中固定相或固定液發生流失、分解等；
（4）柱頭污染；
（5）樣品或溶劑中含有某些敏感物質或高沸點物質。
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